2006年9月，研究生部首次开启了与东北大学软件学院合作培养软件工程专业学位工程硕士（MSE）研究生培养工作。2012年5月又启动了与东北大学工商管理学院合作培养项目管理专业学位工程硕士的研究生培养工作。在继承东北大学优良传统的基础上，研究生部通过选拔优良的师资、设置规范而独特的课程设置体系、严格控制导师指导学生数量和指导过程跟踪评价考核、实施东软Java实训、开展实用的企业工程实践、举办多种学术前沿讲座、组织丰富多彩的学生文化活动等多种途径，严格控制工程硕士的教学质量，优化研究生培养流程。开创了大连东软信息学院独具特色的工程硕士培养方式。
2014年9月，研究生部正式开启了国际硕士预科项目（Global Pre-Master Program）。本项目通过我校与国外大学的校际合作，降低或简化合作院校对我校学生的录取标准和申请流程，向学生提供为期20周的专业英语课程培训和学习规划指导等服务，帮助校内有出国意向的大三、大四学生提前适应国外研究生教育模式，帮助学生在英语能力、专业知识储备和生活经验上做好较为充分地准备，从而达到顺利申请国外名校和完成未来学业的目标。
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